Assassin's Creed Shadows'un arkasındaki baş geliştirici, oyuncuların tek bir kahramana odaklanarak önemli içeriği kaybetmeyeceklerini açıkladı. Assassin's Creed Shadows'ta oyuncular, iki kahramandan biri olarak oynama seçeneğine sahip olacaklar: Naoe adında bir kadın shinobi ve dahil edilmesi oyunun resmi lansmanından önce bile önemli tartışmalara yol açan tarihi bir Afrika samuray Yasuke. Bazı taraftarlar, bir karakterin diğerine öncelik verilmesinin, kilit hikaye öğelerini veya oyun deneyimlerini kaçırmaya neden olabileceği endişelerini dile getirdiler.
Assassin's Creed Shadows'un yaratıcı direktörü Jonathan Dumont, bu endişeleri ele aldı, kendi dengeli oyun tarzını paylaştı: "Örneğin, karakterler arasında oldukça eşit bir şekilde geçiş yapma eğilimindeyim. Örneğin, bir kahramanla 3-5 saat geçirebilir, sonra ikincisiyle 2-3 saat daha geçirebilir ve oynayabilirim." Ancak Dumont, oyuncuların bir karaktere doğru eğildikleri takdirde büyük bir dezavantajda olmayacağını vurguladı. Her kahramanın kendi özel açılış dizileri ve kişisel hikaye yayları olsa da, oyunun oyuncunun seçimine uyum sağlamak için tasarlandığını açıkladı. Hayranları tercihlerini takip etmeye teşvik etti: "Çok fazla özleyeceğinize inanmıyorum. Gerçekten kişisel oyun stilinize geliyor. 'Tamam, oyunun hangi karakteri seçtiğime göre nasıl ayarlandığını göreceğim.' Her kahramanın kendi benzersiz tanıtımları ve özel görevleri vardır, ancak temel deneyim favorinizi seçebilirsiniz.