Lo sviluppatore principale dietro Assassin's Creed Shadows ha chiarito che i giocatori non perderanno contenuti significativi concentrandosi su un singolo protagonista. In Assassin's Creed Shadows, i giocatori avranno la possibilità di giocare come uno dei due protagonisti: uno shinobi femminile di nome Naoe e uno storico samurai africano, Yasuke, la cui inclusione ha suscitato un notevole dibattito anche prima del lancio ufficiale del gioco. Alcuni fan hanno espresso preoccupazione per il fatto che dare la priorità a un personaggio sull'altro potrebbe comportare la perdita di elementi della storia chiave o esperienze di gioco.
Jonathan Dumont, il direttore creativo di Assassin's Creed Shadows, ha affrontato queste preoccupazioni, condividendo il suo stile di gioco equilibrato: "Tendo a passare da un personaggio in modo abbastanza uniforme. Ad esempio, potrei trascorrere 3-5 ore con un protagonista, quindi cambiare e giocare altre 2-3 ore con il secondo." Tuttavia, Dumont ha sottolineato che i giocatori non saranno in grande svantaggio se si appoggiano a un personaggio. Ha spiegato che mentre ogni protagonista ha le proprie sequenze di apertura esclusive e archi di storie personali, il gioco è progettato per adattarsi alla scelta del giocatore. Ha incoraggiato i fan a seguire le loro preferenze: "Non credo che ti perderai molto. Dipende davvero al tuo stile di gioco personale. Potresti pensare: 'Va bene, vedrò come il gioco si adatta in base al personaggio che scelgo." Ogni eroe ha le proprie presentazioni uniche e le loro missioni dedicate, ma l'esperienza di base è flessibile.
