El desarrollador principal detrás de Assassin's Creed Shadows ha aclarado que los jugadores no perderán contenido significativo al enfocarse en un solo protagonista. En Assassin's Creed Shadows, los jugadores tendrán la opción de jugar como una de las dos protagonistas: una shinobi femenina llamada Naoe y un samurai africano histórico, Yasuke, cuya inclusión ha provocado un debate considerable incluso antes del lanzamiento oficial del juego. Algunos fanáticos expresaron su preocupación de que priorizar a un personaje sobre el otro podría resultar en perderse elementos clave de la historia o experiencias de juego.
Jonathan Dumont, director creativo de Assassin's Creed Shadows, abordó estas preocupaciones, compartiendo su propio estilo de juego equilibrado: "Tiendo a cambiar entre personajes de manera bastante uniforme. Por ejemplo, podría pasar 3-5 horas con un protagonista, luego cambiar y jugar otras 2-3 horas con la segunda". Sin embargo, Dumont enfatizó que los jugadores no estarán en una gran desventaja si se inclinan hacia un personaje. Explicó que si bien cada protagonista tiene sus propias secuencias de apertura exclusivas y arcos de historia personal, el juego está diseñado para adaptarse a la elección del jugador. Alentó a los fanáticos a seguir sus preferencias: "No creo que te pierdas mucho. Realmente se reduce a tu estilo de juego personal. Podrías pensar: 'Muy bien, veré cómo el juego se ajusta en función de qué personaje elijo'. Cada héroe tiene sus propias presentaciones únicas y líneas de búsqueda dedicadas, pero la experiencia principal es flexible.