O desenvolvedor principal por trás do Assassin's Creed Shadows esclareceu que os jogadores não perderão conteúdo significativo, concentrando -se em um único protagonista. Nas sombras de Assassin's Creed, os jogadores terão a opção de jogar como uma das duas protagonistas: uma shinobi feminina chamada Naoe e uma histórica samurai africana, Yasuke, cuja inclusão provocou um debate considerável mesmo antes do lançamento oficial do jogo. Alguns fãs expressaram preocupações de que priorizar um personagem sobre o outro pode resultar em perder os principais elementos da história ou experiências de jogabilidade.
Jonathan Dumont, diretor criativo do Assassin's Creed Shadows, abordou essas preocupações, compartilhando seu próprio estilo de jogo equilibrado: "Eu costumo alternar entre os personagens de maneira justa. Por exemplo, posso passar 3-5 horas com um protagonista, depois mudar e jogar mais 2-3 horas com o segundo". No entanto, Dumont enfatizou que os jogadores não estarão em uma grande desvantagem se se inclinam para um personagem. Ele explicou que, embora cada protagonista tenha suas próprias sequências de abertura exclusivas e arcos de histórias pessoais, o jogo foi projetado para se adaptar à escolha do jogador. Ele incentivou os fãs a seguir suas preferências: "Eu não acredito que você perderá muito. Isso realmente se resume ao seu estilo de jogo pessoal. Você pode pensar: 'Tudo bem, vou ver como o jogo se ajusta com base em qual personagem eu escolho'. Cada herói tem suas próprias apresentações e linhas de missões dedicadas, mas a experiência principal é flexível.
